La Iglesia Mar Thoma, o Iglesia Siríaca Malabar Mar Thoma, tuvo su origen en la comunidad cristiana de Santo Tomás en Kerala. En el siglo XIX, el contacto con misioneros británicos y los estudios bíblicos llevaron a un movimiento de reforma dentro de la Iglesia Malankara; la historia oficial de la iglesia se remonta al año ۱۸۳۶ lo considera el punto de partida de esta reforma.

La Iglesia Mar Thoma conserva muchas de las características tradicionales de la Iglesia Oriental, al tiempo que enfatiza el estudio bíblico y la orientación evangélica. El Consejo Mundial de Iglesias la describe como una «Iglesia Oriental renovada». No es institucionalmente idéntica a la Iglesia Ortodoxa Malankara, aunque comparten raíces históricas.