Mar Thoma Kilisesi veya Malabar Mar Thoma Süryani Kilisesi, Kerala'daki Aziz Thomas Hristiyan cemaatinden doğmuştur. 19. yüzyılda, İngiliz misyonerlerle temas ve İncil çalışmaları, Malankara Kilisesi içinde bir reform hareketine yol açmıştır; kilisenin resmi tarihi 19. yıla kadar uzanmaktadır. ۱۸۳۶ Bunu, söz konusu reformun başlangıç ​​noktası olarak görüyor.

Mar Thoma, Doğu Kilisesi'nin geleneksel özelliklerinin çoğunu korurken, İncil çalışmalarına ve evanjelik yönelime vurgu yapmaktadır. Dünya Kiliseler Konseyi onu "yenilenmiş bir Doğu Kilisesi" olarak tanımlamaktadır. Tarihsel kökleri paylaşsalar da, kurumsal olarak Malankara Ortodoks Kilisesi ile aynı değildir.