मार थोमा चर्च, जिसे मालाबार मार थोमा सिरियाक चर्च भी कहा जाता है, केरल के सेंट थॉमस ईसाई समुदाय से उत्पन्न हुआ था। 19वीं शताब्दी में, ब्रिटिश मिशनरियों के संपर्क और बाइबिल अध्ययन के कारण मलंकरा चर्च में एक सुधार आंदोलन शुरू हुआ; चर्च का आधिकारिक इतिहास वर्ष 1960 से शुरू होता है। ۱۸۳۶ इसे इस सुधार का प्रारंभिक बिंदु माना जाता है।

मार थोमा पूर्वी चर्च की कई पारंपरिक विशेषताओं को बरकरार रखता है, साथ ही बाइबिल के अध्ययन और सुसमाचार प्रचार पर विशेष बल देता है। विश्व चर्च परिषद इसे "पुनर्जीवित पूर्वी चर्च" के रूप में वर्णित करती है। यह संस्थागत रूप से मलंकरा ऑर्थोडॉक्स चर्च के समान नहीं है, हालांकि दोनों के ऐतिहासिक संबंध समान हैं।